Deux instances sont placées auprès de la direction de l'école : le Conseil d'école, consulté sur le positionnement de l'école, l'orientation générale des enseignement, l’organisation et le fonctionnement, les modalités de recrutement des élèves, les relations avec les entreprises, les alliances et partenariats stratégiques ; le Comité d'enseignement et de la recherche, qui traite de l’organisation des enseignements, des études et de la recherche, du programme des enseignements, des modalités de sanction des études, et qui siège en formation de jury ou de conseil de discipline. Par ailleurs, le Conseil d'administration du GENES, établissement portant la personnalité morale et juridique de l'école, délibère sur les décisions financières, l'organisation générale de l'établissement, ainsi que sur l'ensemble des sujets impliquant des décisions juridiques, tels que la définition du montant des droits de scolarité, ou l'évolution des modalités des concours. Chacune de ces instances est composée de personnalités qualifiées, de représentants des personnels et des élèves, et de membres de droit représentant la direction de l'école, de la tutelle (l'INSEE) et du GENES. Enfin, le Conseil scientifique du GENES est consulté sur les orientations scientifiques de l'ENSAE et du CREST.