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A l'origine école de fonctionnaires et école d'application de l'Ecole Polytechnique, l'ENSAE a progressivement ouvert des places à des élèves non fonctionnaires, qui sont maintenant les plus nombreux.

L'ENSAE est membre fondateur du réseau ParisTech (avec l'X, Mines ParisTech, l'École des Ponts ParisTech, Télécom ParisTech, Agro ParisTech, l'ENSTA ParisTech, Arts et Métiers ParisTech, l'ESPCI, Chimie Paris et HEC).

L'ENSAE a tissé au cours des années des partenariats avec certaines écoles de ParisTech (HEC, X, Ecole des Ponts dans le cadre du master Analyse et Politique Economiques, double diplôme entre Ecoles d'ingénieur de ParisTech) et avec Sciences Po. 

Récemment, les collaborations avec l'X et HEC se sont encore resserrées dans la perspective de l'installation de l'ENSAE sur le plateau de Saclay en 2012 (double diplôme ENSAE-HEC, master Economics and Public Policy avec l'X et Sciences Po, GIS Sciences de la décision). La logique de campus sur le plateau de Saclay renforcera ces collaborations, et conduira à les étendre à d'autres écoles amenées à s'installer sur le plateau (notamment AgroParisTech, ENSTA ParisTech). 

L'ENSAE offre aussi depuis la promotion 2010 un double diplôme avec l'ESSEC.